Sur les disques secondaires, la poubelle ne marche pas forcément d'office.
Il faut veiller à ce qu'il y ait à la racine de chaque disque un dossier appelé .Trash-1000. L'utilisateur actuel doit avoir les droits dessus (chown/chmod).
Enfin, dans PCManFM > Préférences > Général > cocher “Mettre les fichiers supprimées à la Corbeille” > décocher “Supprimer les fichiers des supports amovibles au lieu de les mettre à la corbeille”.