On peut faire quelques vérifications de base, entre autre pour identifier d'où viennent les lenteurs.

Paquets utiles (sur Debian, ça doit être similaire sur les autres) :

htop iotop-c nload

• htop affiche de façon presque “graphique” l'utilisation du CPU, de la RAM et de la SWAP. Si ça sature, forcément ça ralentit. Les commandes sont listés en bas de l'affichage de htop ; F6 pour changer l'ordre.
• iotop seul a quelques soucis, le paquet iotop-c les résoudrait. r pour changer l'ordre d'une colonne et les flèches gauche/droite pour passer de l'une à l'autre.
• nload indique la charge réseau, si un téléchargement prends toute la bande passante… Pour voir toutes les interfaces d'un coup, c'est nload -m, sinon il faut utiliser les flèches droite/gauche pour passer d'une interface à l'autre (et voir celle qui est réellement utilisée par le réseau). Pas le seul utilitaire qui propose ça…
  • On peut compléter avec iftop pour voir qui est connecté, et les diverses commandes de netstat vite trop verbeux.

On peut aussi vérifier la connexion entre le serveur et soi-même. Iperf3 permet ça.

Enfin, vérifier les erreurs sur systemd peut être utile aussi.

• https://docs.pulseheberg.com/fr/article/mon-serveur-linux-est-lent-wbjv81/
• https://www.malekal.com/lister-les-connexions-reseaux-mesurer-sur-linux/
• https://www.tecmint.com/test-network-throughput-in-linux/

Peut-être que strace peut aider aussi, mais je sais pas comment :P