Image magick fait ça très bien :

convert -compress jpeg unicorn-origami-* uni.pdf

-compress jpeg pour s'assurer que ça ne soit pas trop volumineux, si les fichiers ont le même nom suivi de 1, 2, 3, ils seront pris dans l'ordre.

Si on a déjà plusieurs pdf à assembler en un seul, pdfunite est installé de base (avec quel paquet sinon ? je n'en sais rien).

Syntaxe :

pdfunite input1.pdf input2.pdf input3.pdf output.pdf